В сезоне-2013/14 «Томь» будет играть в Российской футбольной премьер-лиге.
В матче 32-го тура Футбольной национальной лиги «Томь» принимала астраханский «Волгарь» и обыграла его со счетом 1:0 (0:0), за счет чего за два тура до финиша вслед за екатеринбургским «Уралом» гарантировали себе путевку в премьер-лигу.
Единственный мяч был забит уже в компенсированное время. Свои ворота поразил игрок «Волгаря» Иван Лукьянов (90+3). Это поражение лишило астраханцев шансов на сохранение прописки в первом дивизионе.
Еще две команды могут выйти в премьер-лигу через стыковые матчи. Их будут играть 3-е и 4-е места из ФНЛ и 13-е и 14-е места из РФПЛ. Сейчас в зоне стыковых матчей в ФНЛ располагаются нальчикский «Спартак» и «СКА-Энергия» из Хабаровска.